Dünyanın dört bir yanından uzmanların katıldığı, herkese açık konuşmalar ve seminerler.
Sağlam kıyaslama ve büyük ölçekli veri yeniden kullanımının hesaplamalı biyolojiyi nasıl değiştirdiği; tekrarlanabilirlik, veri paylaşımı ve yazılım kullanılabilirliğinin bir biyoinformatik aracına güvenilip güvenilemeyeceğini nasıl belirlediği.
Algoritmaların, yazılım araçlarının ve metabolik modellerin mikrobiyal topluluklardaki etkileşimleri nasıl ortaya çıkardığı; çevresel değişim, topluluk yapısı ve ekosistem etkisi arasındaki geri besleme.
Protein-ligand, protein-protein ve protein-membran etkileşimlerini öngörmek için simülasyon ve makine öğrenmesi yöntemlerine bir bakış.
Üç kuartetli RNA G-kuadrupleks katlanmasının tüm atom gelişmiş örnekleme simülasyonları: basit yapılı ara ürünleri olmayan, çok yollu bir süreç, ve mevcut kuvvet alanlarının nerede yetersiz kaldığına dair açık sözlü bir değerlendirme.
Makine öğrenmesini fizik temelli simülasyonla birleştiren melez ligand keşif yöntemleri; SARS-CoV-2 yapısal olmayan protein 3, amiloid beta-42 kümelenmesi ve antibiyotik direnci proteinlerinde uygulamaları.
Dihidrofolat redüktazdaki tekil mutasyonların trimetoprim bağlanmasını nasıl değiştirdiğini ölçmek için 4.752 alkimyasal serbest enerji pertürbasyon simülasyonu çalıştıran GPU hızlandırmalı bir iş akışı, antibiyotik direncini klinikte görülmeden öngörmek.
Genetik ve yapısal veriyi birleştirerek varyantların ne yaptığını açıklayan yapı temelli bir çerçeve: kansere yatkınlık, ilaç direnci ve grubunun varyant etkilerini sınıflandırmak için geliştirdiği araçlar.
GlyCosmos'un arkasındaki glikoinformatik kaynaklarına uygulamalı bir bakış: GlyTouCan glikan deposu, diğer omik alanlarla bütünleşme ve GlySpace Alliance'ın FAIR veri paylaşımı çabası.
Proteinin doğal yapısını ağırlıklı bir çizge olarak tanımlayan ve ağ merkezilik ölçüleriyle ilaç bağlanması için olası allosterik bölgeler öneren rezidü etkileşim ağı modeli; GPCR'ler ve diğer komplekslerde gösterimi.
Amino asit sübstitüsyonlarının ve delesyonlarının etkisini tahmin etmek için PRESCOTT ve ESCOTT; ve 19.295 insan proteinini kapsayan önceden hesaplanmış ESCOTT veri tabanı.
Önceki Linux terminali webinarının devamı: temellerin ötesine geçip kabuğu veri analizinde ve biyoinformatik iş akışının tekrar eden kısımlarını otomatikleştirmede kullanmak.
Öğrenci liderliğinde araştırma sunumları ve tartışmalar
Dr. Elisa Frezza, RNA yapılarını ve protein-RNA etkileşimlerini modellemek için hesaplamalı stratejileri ele almakta; moleküler dinamik simülasyonları, normal mod analizi ve kaba taneli yöntemleri kapsamaktadır.
Enzimlerin konformasyonel dinamikleri ve yeni enzimatik işlevlerin evrimsel ortaya çıkışı üzerine hesaplamalı ve teorik yaklaşımlar.
ENCORE uygulamasının pratik kullanımını kapsayan bir webinar; hesaplamalı araştırmalarda tekrarlanabilirliği ve şeffaflığı artırmaya yönelik yöntemler.
Omiks veri setlerinden aktif ağ imzaları çıkarmak ve koşula özgü sinyalleşme ağlarını incelemek için ağ tabanlı yöntemler; CEN-tools ile gen esansiyelliğinin bağlama özgü analizi.
HADDOCK yazılımı etrafındaki son gelişmelerin vurgulandığı konuşma: biyomoleküler kompleks yapı tahmininde bütünleştirici modellemenin önemi ve yalnızca dizilimden antikor-antijen etkileşimlerinin modellenmesi.
Mikroakışkan canlı hücre görüntüleme ve Prox-seq teknolojisiyle NF-κB bağışıklık yolunun karmaşık sinyalleri nasıl işlediğini anlamak; tek hücre dinamiklerinin gen ekspresyonu üzerindeki etkisi.
Heterojen biyomedikal verilerin entegrasyonu, proteinlerin işlevsel özelliklerinin tahmini ve yeni ilaç adaylarının keşfi/tasarımı için makine öğrenmesi ve derin öğrenme tabanlı yaklaşımlar.
TcdB proteininin insan Rho GTPazları (Cdc42 ve Rac1) ile seçici etkileşiminin moleküler mekanizması; yapısal, dinamik ve transkriptomik yaklaşımlar.
Büyük, karmaşık ve çeşitli biyolojik veri setlerini etkili bir şekilde yönetmek ve analiz etmek için linux terminalinin önemi üzerine bir webinar.
Koç Üniversitesi'nden beş öğrenci araştırmalarını sunuyor: protein-protein etkileşim arayüzlerinde ilaç benzeri moleküller, kanser ve nörogelişimsel bozuklukların ağ modelleri, tümör ilerlemesi, vasküler bilişsel bozulma ve ilaç yanıtı tahmini.
Dr. Bayraktar, uzamsal transkriptomik verilerde ince taneli hücre tiplerini çözmek için bir Bayesian modeli olan cell2location'ı ve glioblastomadaki tümör dokusu mimarisini haritalamak için çok modlu bir genomik yaklaşım olan GBM-space'i sunuyor.
1000'den fazla özellikle ilişkili yaygın genetik varyasyonu ve interaktom verisini kullanarak bir hastalık pleiotropi haritası çıkarmak ve olası tedavi hedefi yoğunluklarını bulmak.
Biyoinformatik araçlarının hastalık matematiksel modellerinin oluşturulmasındaki rolü ve bütünsel sistemlere dayalı rasyonel ilaç tasarımına uygulamaları.
23 protein temsil yönteminin karşılaştırmalı değerlendirmesi ve proteinlerin işlevsel özelliklerini tahmin etmek için derin öğrenme tabanlı yaklaşımların üstünlüklerinin incelenmesi.
Protein-RNA etkileşimlerini verimli ölçmek ve tahmin etmek için yeni yöntemler: DeCoDe (yüksek verimli deney tasarımı) ve DeepUTR (mRNA yıkım dinamiklerinin tahmini).
Acıbadem Üniversitesi'nden dört öğrenci araştırmalarını sunuyor: BRCA1 geninde SNP birlikteliği, varyant patojenite tahmini, meme ve akciğer kanseri kaynaklı leptomeningeal metastazda mutasyona uğramış genler.
ONT uzun okuma teknolojisi ve 'Nexons' iş akışı kullanılarak insan germinal merkez B hücrelerinde ekson dizilim faktörlerinin zehirli eksonlarının düzenlenmesinin ortaya çıkarılması.
Tıbbi görüntü analizinde segmentasyon görevleri için derin öğrenme tabanlı yoğun tahmin ağları; histopatolojik ve in vivo görüntüleme için özel ağ mimarileri ve kayıp fonksiyonları.
Kesitsel mikrobiyom veri kümelerinden ekolojik etkileşim ağlarını çıkarmak için bir beklenti maksimizasyon algoritması (BEEM-Static); enterotip yapısını ve ekolojik dinamikleri ortaya koymak.
Gebze Teknik Üniversitesi'nden dört lisansüstü öğrenci, kanser dormansisi, Parkinson hastalığı metabolizması, Alzheimer hastalığı ve Klebsiella pneumoniae ilaç hedefleri üzerine araştırmalarını sunuyor.
Yanlış tanımlanmış lncRNA'ları tespit etmek için derin öğrenme modellerinin eğitim dinamiklerinden yararlanan bir çerçeve, ribo-seq deneylerine gerek duymadan >%91 AUC başarısı.
Altı web tabanlı puanlama aracının kinaz mutasyonlarının inhibitörleriyle etkileşimleri üzerindeki etkisini değerlendirmedeki performanslarının karşılaştırması; yeni BINDKIN kıyas ölçütü kullanılarak.
Barış Ekim, minimizer-uzay dizileme veri analizini (mdBG) tanıtıyor: mevcut yöntemlere kıyasla genom birleştirmede hız ve bellek kullanımında büyük ölçüde iyileşme sağlayan yeni bir yaklaşım.
SPaRTAN, CITE-seq veri setlerini kullanarak hücre yüzey reseptörlerini transkripsiyon faktörleriyle ilişkilendiren bir hesaplamalı yöntem; tümör infiltre eden CD8+ T hücrelerindeki sinyalleşme durumlarını tahmin etmek için uygulandı.
Yakutya ve Baykal Gölü'nden 40 eski birey üzerinde yapılan antik DNA analizi; Paleolitik'ten Demir Çağı'na uzanan gen akışı olayları, Palaeo-Inuit ataları ve Yersinia pestis bulguları.
Glikolitik enzimlerin allosterik inhibisyonunu çeşitli analiz yöntemleriyle açıklamak için Kısıtlı Moleküler Dinamik simülasyon yönteminin kullanımı.
Kolinerjik sinyallerin kanser ilerlemesindeki rolüne dair in silico, in vitro ve in vivo bulgular; meme kanserinde CHRNA5'in rolü ve karaciğer kanseri için zebra balığı ksenograft modelleri.
Kanser ve stromal hücrelerde translasyonel kontrol; ardından translasyon verimliliğinin transkriptom ölçeğinde analizi üzerine uygulamalı bir eğitim.
Protein dizisi düzeyinde viral çeşitlilik dinamikleri ve virüslerin konakçı bağışıklık tepkisinden kaçma mekanizmaları; aşı tasarımına yönelik çıkarımlar.
CEN-tools sunum: büyük ölçekli CRISPR taramalarından gen esansiyalitesini doku tipi, mutasyon profilleri ve ilaç yanıt seviyeleri gibi biyolojik bağlamlarda sorgulayan web sitesi ve Python paketi.
HAM10000 veri seti kullanılarak Melanoma, Dermatofibroma ve Benign Keratoz lezyonlarını tespit eden ve sınıflandıran Modifiye Inception ve MobileNet CNN modelleri ile cilt kanseri erken tespiti.
Hexamita inflata'daki cinsiyetle ilişkili genlerin karşılaştırmalı filogenomik analizi, nükleer füzyon ve mayotik inter-homolog rekombinasyona dair kanıtlar.
Protein yapısının sekans evrimi üzerindeki etkisinin araştırılması; 3D protein yapıları boyunca adaptif mutasyonların dağılımı ve pozisyonlar arasındaki eş-evrim.
Oxford Nanopore MinION ve döngüsel daire amplifikasyon protokolü kullanılarak tatlı su sahte topluluğunun %99'dan fazla dizi doğruluğuyla değerlendirildiği ASHURE Python pipeline'ı.
Türkiye'deki COVID-19 pandemisinin projeksiyonu için Bayesci negatif binom çok düzeyli model; önlemlere uyum devam ettiğinde salgın eğrisinin azaldığını gösteriyor.
Lewontin Paradoksu'nun çözümüne işaret eden modern çalışmaların ve yaklaşımların özeti; klasik Hill-Robertson etkisi bağlamında "bağlantılı seçilim" sürecine vurgu yapılarak.
Çok lokuslu ilişkisel üstünlüğün (AOD) düşük rekombinasyon bölgelerindeki genetik çeşitliliği nasıl artırabileceğine dair teorik ve ampirik bir çalışma; insan genomunda 22 bu tür bölge tespit edilmiştir.
RSG-Türkiye aktif üyeleri tarafından yürütülen çalışma: Galaxy Project ve INSaFLU iş akışları tarafından tanımlanan SARS-CoV-2 genomik varyantlarının karşılaştırmalı analizi.
15.277 global SARS-CoV-2 genomu ile Türkiye'deki viral izolatların filogenetik analizi; virüsün raporlanan ilk vakadan önce ülkeye girdiğini ve çoklu bağımsız uluslararası giriş yollarını ortaya koyuyor.
TCGA deposuna erişim yolları ve renal hücre karsinomlarının çoklu omik değerlendirmesi için kullanılan araçların tanıtımı.
Yeşil alglerin Sphaeropleales takımında kodon yeniden atamaları ve mitokondriyal genetik kodun benzeri görülmemiş varyantları üzerine bir inceleme.
Moleküler simülasyonların in silico deney olarak nasıl düşünülebileceğine dair tarihsel ve fiziksel bir perspektif, yapısal biyoloji ve hesaplamalı biyofizik üzerine.
Tek hücre transkriptomiğinden çok sayıda hücre kaderi içeren soy ağaçlarını kuran ve bu ağaçlar boyunca zamansal gen ifadesi profillerini tamamlayan MERLoT aracı.
Yapay Sinir Ağları'nın Tek Hücre Genomiği, Mikroskopi Görüntüleme ve Genomik/Antik DNA araştırma alanlarına uygulamalarına genel bakış; yaşam bilimlerinde büyük verinin zorluklarını ele alıyor.
Binlerce antik ve modern genomun ve yeni hesaplamalı yaklaşımların insanın evrimsel tarihini nasıl yeniden yazdığı: homininler arası gen akışı, yapısal varyantlar ve yakın soyun belirlenmesi.
On yıllık mikrobiyom dizileme verisini tanı, prognoz ve tedaviye yön verecek öngörü modellerine dönüştürmek, ve sonuçları tekrarlanabilir kılmak için gereken yöntemler.
NPC1 ve GPRC6A'nın doğru evrimsel geçmişi ve elle düzenlenmiş hizalamaları kullanılarak, membran reseptörlerinde hastalığa yol açan amino asit değişimlerinin daha iyi öngörülmesi.
Tekrarlanabilirlik için iyi, daha iyi ve en iyi iş akışları: veri saklama ve temizlemeden analize, oradan sonucun aktarılmasına.
İyi tanımlanmış kinazlardan az çalışılmış olanlara bilgi aktaran sıfır-çekimli öğrenme yaklaşımı; öncesinde verisi bulunmayan kinazlar için fosforilasyon bölgesi tahmini.
Tek hücre RNAseq için web tabanlı interaktif platformların kullanılabilirlik, arayüz, geliştirici desteği, farklı dosya boyutlarındaki başarım ve dosya biçimleri açısından karşılaştırılması.
Hercules, uzun okuma hata düzeltme için ilk makine öğrenimi algoritması; Gizli Markov Modelleri kullanarak mevcut yöntemlere kıyasla daha yüksek haritalama oranı elde ediyor.
Ligand kapılı iyon kanalları için homoloji modellemesi ve kaba taneli moleküler dinamik; düşük dizi benzerliği aralığında hizalama hatalarının karşılaştırmalı modelleri neden sınırladığı.
360'tan fazla eklembacaklı genomu, 1000'den fazla transkriptom ve bunları barındıran biyoinformatik kaynaklar: VectorBase, AphidBase, Ensembl Metazoa, NCBI-GenBank, OrthoDB ve diğerleri.
Kültürden bağımsız dizilemenin mikrobiyolojiyi nasıl bir veri bilimine dönüştürdüğü ve hesaplamalı yaklaşımların insanı trilyonlarca mikroptan oluşan bir topluluk olarak nasıl gösterdiği.
Genomiğin, transkriptomiğin ve epigenetiğin bireysel sağlığa nasıl yansıdığını anlama biçimimizi nasıl değiştirdiğine dair farklı boyutların gözden geçirilmesi ve yüksek verimli veri analizinin gelecekteki zorlukları.
İnsanlık tarihini genomlardan okumak: türümüzün Afrika'daki kökenleri, antik DNA üzerinden Anglosakson göç dönemi ve Kuzey Amerika'nın iskânı.
NF2 dışı meninjiyomların bütünleşik genetik ve epigenetik analizi ve CaSpER: tek hücre ile yığın RNA-Seq verisinden CNV olaylarını çok ölçekli çözünürlükte belirleyen, görselleştiren ve bütünleştiren bir algoritma.
Solid tümörler için doğrulanmış FoundationOne® tanı testi: 315 kanser ilişkili gende neyi saptadığı, klinik pratikteki başarımı ve Zürih Üniversite Hastanesi'nden ilk sonuçlar.
Büyük ölçekli biyolojik veriler için iki derin öğrenme yöntemi: tanımlanmamış proteinlerin işlevlerini öngören DEEPred ve yeni ilaç adaylarını belirleyen DEEPscreen. Bir de derin öğrenmenin sınırları.
Tümörlerde Mikrosatellit Kararsızlığı üzerine bir webinar, kısa ardışık tekrarların gen ifadesi ve epigenetik üzerindeki etkisi ve bu etkilerin immünoterapide nasıl kullanılabileceği.
Beyin hücre metabolizması ve nörodejeneratif hastalıklar için reporter pathway tabanlı transkriptom veri haritalama; beyin metabolik ağlarının kısıt tabanlı modellemesi.
Hesaplamalı yaklaşımların ve evrimsel genomiğin koruma ve biyoçeşitlilik çalışmalarına nasıl katkı sağladığı; evrimsel modellerin sınanması ve adaptasyonun evrimsel temelinin anlaşılması.
2018'in ilk webinarı, Doç. Prof. Ezgi Karaca'nın yapısal biyoloji teknikleri, HADDOCK ve Nature Methods'ta yayınlanan bütünleştirici modelleme çalışması üzerine sunumu.
Bilgi tasarımını bilimsel şekiller için pratik ilkelere dönüştürmek, iyi tasarlanmış bir grafiğin nasıl hem özlü hem anlaşılır olabileceği ve tasarımın izleyicinin dikkatini nasıl yönlendirdiği.
BioInfoNet serisinin altıncı webinarı; allosterik kalsiyum sensörleri ve bunların sinaptik plastisitedeki rolü.
BioInfoNet serisinin beşinci webinarı; primatlarda testis evrimine moleküler bakış.
BioInfoNet serisinin dördüncü webinarı; yeni nesil dizileme verilerinden yapısal varyasyonların keşfi ve genotiplenmesi.
BioInfoNet serisinin üçüncü webinarı; glioblastomada kişiselleştirilmiş tedavi stratejilerinin belirlenmesine yönelik ağ modelleme yaklaşımları.
Erken dönem BioInfoNet webinar serisinden, tür düzeyinde hesaplamalı metagenomik üzerine bir konuşma; metagenomik veri analizinin zorlukları ve olanakları.
BioInfoNet serisinin ilk webinarı; kararlı durum ve dinamik pertürbasyon verilerinden sinyal ağı topolojisinin yeniden kurulmasına yönelik yöntemler.
Aramanızla eşleşen webinar bulunamadı.
