Webinar Hakkında
Sunucu
Pavlína Pokorná: Doktora Sonrası Araştırmacı, CNR-IOM, İtalya
Pavlína Pokorná, doktorasını Çek Cumhuriyeti’ndeki Masaryk Üniversitesi’nde Jiří Šponer danışmanlığında Biyomoleküler Kimya ve Biyoinformatik alanında aldı. 2023’ten beri İtalya’daki CNR-IOM’da Alessandra Magistrato’nun grubunda doktora sonrası araştırmacıdır. Araştırmaları nükleik asitlerin ve RNA–protein komplekslerinin çok ölçekli hesaplamalı incelenmesine, özellikle RNA konformasyon değişimlerini içeren dinamik sistemlerin ve süreçlerin modellenmesine odaklanıyor; son dönemde ağırlıklı olarak splicing ile ilgili sistemler üzerine çalıştı.
Özet
RNA’nın konformasyonel değişimleri pek çok biyolojik süreç için belirleyicidir. Ne var ki RNA’nın yüksek esnekliği nedeniyle yapısal dinamiğini yakalamak hem deneysel hem hesaplamalı teknikler için zorludur. Böyle bir sistemin örneği, katlanma–açılma dinamikleri gen ifadesinin düzenlenmesine katkıda bulunan guanin kuadruplekslerdir (G4). Tüm atom gelişmiş örnekleme MD simülasyonları kullanarak üç kuartetli RNA G4 yapılarının katlanmasını benzettik. Yörüngelerimiz G4 katlanmasını, basit ve iyi yapılanmış ara ürünlerden yoksun, çok yollu bir süreç olarak yakalıyor. Bunun yerine RNA molekülü önce kompakt, yumak benzeri bir topluluğa çöküyor; G4 buradan küçük ve kademeli adımlarla, çoğunlukla üç kuartetli forma götüren son yeniden düzenlenmelerden önce iki kuartetli bir G4 üzerinden yavaşça oluşuyor. Guanin dizilerini bağlayan ilmeklerin uzunluğu, farklı katlanma ara ürünlerinin baskınlığını etkiliyor gibi görünüyor; daha uzun ilmekler tripleks yapıları daha etkili biçimde kararlı kılıyor. Öte yandan simülasyonlarımız gelişmiş örnekleme yöntemlerinin ve güncel kuvvet alanlarının güçlüklerini ve sınırlarını da ortaya koydu. Bu güçlükler, karmaşık dinamiğe sahip diğer RNA sistemlerinde de ortaktır ve güvenilir modelleme dikkatli bir simülasyon kurulumu ile sonuçların eleştirel değerlendirilmesini gerektirir.
Tarih: 21 Ekim 2025
Dil: İngilizce
